Klub został założony w 1900 przez jedenastu piłkarzy pod przewodnictwem Franza Johna . Pomimo iż Bayern zdobył swoje pierwsze Mistrzostwo w 1932 roku, klub nie został wybrany do powstałej w 1963 r. nowej Bundesligi. Czasy największych sukcesów przypadły na połowę lat 70., gdy zespół z Franzem Beckenbauerem jako kapitanem trzy razy z rzędu wygrywał Puchar Europy (1974–76).
1945–1967
Minęło jeszcze trochę czasu, zanim w drużynie narodowej czołowe miejsca zajęli piłkarze Bayernu. Sytuacja nie zmienia się nawet po zdobyciu przez monachijską drużynę Pucharu Niemiec w 1957 r. Następnie nastąpił okres bez sukcesów. Wielki zawód spotkał Bawarczyków, kiedy nie zostali dopuszczeni w 1963 do nowo powstałej Bundesligi. Ale już po dwóch latach Bayern pod wodzą Tschika Cajkovskiego wkroczył w okres dobrobytu, w którym rozwinęły się talenty takich graczy, jak Franz Beckenbauer, Sepp Maier czy Gerd Müller. Pierwszy sezon w Bundeslidze Bawarczycy zakończyli na trzecim miejscu. Beckenbauer i Maier trafili do drużyny narodowej, która wywalczyła srebro na Mistrzostwach Świata w 1966. W 1967 Bayern zdobył swój pierwszy tytuł w Europie. Pokonując po dogrywce Rangers F.C. 1:0 zdobył Puchar Zdobywców Pucharów, a zwycięskiego gola zdobył „Bulle” Roth w 109 minucie.
1968-1976
W 1972, już na nowym obiekcie Monachijczycy mieli powody do świętowania. Strzelający wówczas dla Bayernu bramki Gerd Müller ustanowił dotąd niepobity rekord. Zdobył 40 bramek w sezonie, a stosunek goli jego drużyny w ostatniej kolejce wyniósł 55:13, co również jest rekordem (wówczas za wygrany mecz otrzymywano 2 pkt.). Drużyna FCB oprócz mistrzostwa zdobyła jeszcze (w wygranym 2:1 meczu przeciwko 1. FC Köln) Puchar Niemiec. Trenerem w tym zwycięskim sezonie był Udo Lattek. W następnych latach Bayern zdobył kolejne 2 trofea mistrza Niemiec oraz, co najważniejsze, wygrał Puchar Europy Mistrzów Krajowy
1977-1990
Nastąpił lepszy okres w dziejach klubu. W 1980 Breitner i młody Rummenigge poprowadzili Bawarczyków do pierwszego od 6 lat mistrzostwa. W 1981 Bayern ponownie wygrał ligę i doszedł do finału Pucharu Mistrzów, gdzie jednak lepsza okazała się Aston Villa, wygrywając 1:0. W tym samym roku Niemcy przegrali finał Mistrzostw Świata z Włochami 1:3. Bramkę dla Niemców zdobył Breitner i jest on jedynym piłkarzem niemieckim, który celnie strzelił do siatki w dwóch finałach Mistrzostw Świata. W 1983 r. powrócił Udo Lattek; rok później Bayern zdobył Puchar Niemiec, pokonując po rzutach karnych Borussię Mönchengladbach. Lothar Matthäus strzelił w tym finale swojego ostatniego gola dla Borussii przed transferem do Monachium.
1991-1999
Heynckes opuścił zespół w sezonie 91/92, a zastąpił go Søren Lerby. Ten jednak, nie odnosząc sukcesów, został wkrótce zastąpiony przez Ericha Ribbecka; Karl-Heinz Rummenigge i Franz Beckenbauer zostali wiceprezydentami klubu. W sezonie 93/94 Beckenbauer zastąpił pechowego Ribbecka i zdobył mistrzostwo kraju. Następnie zespół przejął Giovanni Trapattoni; Włoch, niezwykle popularny wśród graczy i w mediach, nie przyniósł oczekiwanych sukcesów. Doprowadził drużynę do półfinału Ligi Mistrzów (porażka z Ajaksem Amsterdam), ale w lidze zajął zaledwie 6. miejsce. Trapattoniego zastąpił Otto Rehhagel, On jednak też nie osiągnął zadowalających wyników i tymczasowo zastąpił go Beckenbauer. Po dramatycznym półfinale (2:2 w Monachium i 2:1 na Camp Nou) zBarceloną Bayern pod wodzą Cesarza sięgnął po Puchar UEFA, pokonując w finałowym dwumeczu Girondins Bordeaux (2:0 i 3:1). Po krótkim epizodzie trenerskim Beckenbauera do klubu powrócił Trapattoni. Dwa lata i dwa tytuły: mistrzostwo 1997 i Puchar Niemiec 1998
2000-2004
W 2000 r. Bayern sięgnął po mistrzostwo kraju i zdobył również Puchar Niemiec. W 2001 r. Bawarczycy pokonali w finałowym meczu LM Valencię w rzutach karnych i tym samym osiągnęli to czego nie udało im się 2 lata wcześniej. Rok później monachijski klub zajmuje 3. miejsce w lidze, za Leverkusen i Borussią Dortmund.W 2003 r. Bayern zdobył mistrzostwo Niemiec po raz 18. oraz Puchar Niemiec po raz 10.; królem strzelców ligi, na pożegnanie z klubem, został Brazylijczyk Giovanne Elber (21 bramek, wspólnie z Christiansenem zVfL Bochum).
W 2004 Bayern doszedł do 1/8 finału Ligi Mistrzów gdzie zmierzył się z Realem Madryt. W pierwszym meczu po błędzie Olivera Kahna, który przepuścił strzał z rzutu wolnego Roberto Carlosa padł remis 1:1. Na Santiago Bernabéu lepszy był Real i Bayern pożegnał się z Champions League. W Bundeslidze „Bawarczycy” musieli uznać wyższość Werderu Brema, zajmując ostatecznie 2. miejsce, natomiast z Pucharem Niemiec pożegnali się odpadając z drużyną 2. Bundesligi Alemannią Akwizgran. Po sezonie z klubem rozstał się Ottmar Hitzfeld, który prowadził Bayern od 1998 r. Przed sezonem 2007/2008 gruntownie przebudowano drużynę. Do zespołu dołączyło 8 piłkarzy m.in. włoski snajper Luca Toni, gwiazda Bundesligi Miroslav Klose oraz Franck Ribéry. Wzmocnienia te okazały się strzałem w dziesiątkę ponieważ „Bawarczycy” zdobyli w tym sezonie Puchar Ligi, Puchar Niemiec, a także Mistrzostwo Kraju. W Pucharze UEFA osiągnęli półfinał, w którym boleśnie ulegli późniejszemu zdobywcy tytułu – Zenitowi Sankt Petersburg, remisując najpierw w Monachium 1:1 i przegrywając 0:4 w Sankt Petersburgu. 27 kwietnia 2009, po przegraniu ligowego meczu ze Schalke 04, a także wcześniejszych porażkach z FC Barceloną w Lidze Mistrzów oraz w lidze zVfL Wolfsburg, został zwolniony z posady szkoleniowca Bayernu. Tymczasowym trenerem Bayernu został Jupp Heynckes. 1 lipca 2009 na stanowisku trenera Heynckesa zastąpił Louis van Gaal, były trener Ajaxu, Barcelony i AZ Alkmaar. Nowy szkoleniowiec podpisał z klubem 2-letni kontrakt. 7 kwietnia 2010 Bayern Monachium wyeliminował Manchester United z Ligi Mistrzów i tym samym awansował do półfinału.W ostatniej kolejce Bundesligi w sezonie 2009/2010 Bayern pokonał drużynę Herthy Berlin i zdobył mistrzostwo Niemiec po raz 22. 15 maja Bayern pokonał Werder Brema 4:0 i tym samym zdobył Puchar Niemiec
2011-2012
Na początku 2011 roku, gdy klub pozostawał nadal w rywalizacji Ligi Mistrzów, lecz stało się pewne, że nie zdobędzie mistrzostwa Niemiec poinformowano z wyprzedzeniem czasowym, iż po zakończeniu sezonu zostanie rozwiązany za porozumieniem stron kontrakt trenera van Gaala z Bayernem (rok przed upłynięciem). 25 marca 2011 ogłoszono, że nowym trenerem od 1 lipca 2011 będzie po raz trzeci Jupp Heynckes. Przed sezonem 2011/12 Bayern zakupił: Manuela Neuera, Rafinhe oraz Nilsa Petersena. Pomimo udanego początku sezonu i zajmowania pierwszego miejsca po rundzie jesiennej, Bayern drugi rok z rzędu nie zdobył mistrzowskiej patery. Dotarł do finału Pucharu Niemiec, w którym zagrał z Borussią Dortmund i przegrał 5:2. Bayern wywalczył sobie także drogę do finału Ligi Mistrzów, w którym zagrał z Chelsea, który rozgrywali u siebie. Po raz pierwszy od 1984 roku zdarzyło się aby finał rozgrywek o Puchar Europy odbywał się na stadionie jednego z finalistów rozgrywek. Regulaminowy czas gry i dogrywka doprowadziły do wyniku 1:1, a w rzutach karnych drużyna Chelsea wygrała 4:3.
Od 2013
16 stycznia 2013 klub ogłosił, że zastępcą Juppa Heynckesa na stanowisku trenera będzie Josep Guardiola. 6. kwietnia po zwycięstwie nad Eintrachtem FrankfurtBayern zapewnił sobie 23. Mistrzostwo Niemiec. Bawarczycy odebrali paterę 11. maja na stadionie Allianz Arena jedną kolejkę przed końcem rozgrywek. W maju po pokonaniu Barcelony w dwumeczu 7:0 Bayern awansował do finału na Wembley, gdzie spotkał się z Borussią Dortmund. Bayern zapewnił sobie Puchar Europy dopiero w 89 minucie po golu Robbena na 2:1. Bayern po raz 5 został mistrzem Europy. Jeśli chodzi o wzmocnienia to klub pozyskał za 37 mln euro Niemca Mario Götze, oraz za 25 mln euro Hiszpana Thiago Alcântarę. 27 lipca Bayern został pokonany w finale Superpucharu Niemiec 2:4 przez Borussie Dortmund.4 stycznia 2014 klub pozyskał Roberta Lewandowskiego, który podpisał 5-letni kontrakt. Umowa weszła 1 lipca 2014. 25 marca 2014, dzięki wygranej 3:1 na wyjeździe z Herthą Berlin, Bayern wyśrubował kolejny rekord, zapewniając sobie Mistrzostwo Niemiec na 7 kolejek przed końcem ligowego sezonu. Jest to 24 tytuł mistrzowski w historii klubu.29 kwietnia drużyna Guardioli przegrała rewanżowy półfinał w Lidze Mistrzów z Realem Madryt 0:4. Bayern tym samym nie obronił wywalczonego w 2013 trofeum w Champions League.W czasie letniego okienka transferowego 2014 roku nowymi zawodnikami Bayernu zostali również Xabi Alonso, Medhi Benatia oraz Juan Bernat.Bayern dotarł w sezonie 14/15 do półfinału Ligi Mistrzów, gdzie odpadł przeciwko Barcelonie. Bayern wygrał natomiast Bundesligę w sezonie 14/15 z liczbą 79 punktów.Latem 2015 z klubem rozstali się m.in: Bastian Schweinsteiger oraz Dante. Nowymi nabytkami Bayernu zostali natomiast bramkarz VfB Stuttgart,Sven Ulreich, a także tacy zawodnicy jak Douglas Costa, Arturo Vidal, Joshua Kimmich, a także Kingsley Coman (ten ostatni na zasadzie wypożyczenia).22 września 2015 roku Bayern Monachium pokonał na własnym boisku zespół ówczesnego wicemistrza Niemiec Vfl Wolfsburg 5:1, a wszystkie gole dla Monachijczyków zdobył polski napastnik Robert Lewandowski.